Na Veliku sredu, po nagovoru prote Stevana Petrovića, mitropolit Petar odlazi iz Sarajeva u manastir Svete Trojice kod Pljevalja. Cela oblast južne Srbije, ali i severne Crne Gore u to vreme bili su u sastavu mitropolije dabrobosanske.
Po kazivanju očevidaca, mitropolit je došavši u manastir bio setan, potišten, pa čak i ljut na protu Stevana, jer je smatrao da je trebao ostati sa svojim narodom u Sarajevu. Na Vaskrs je služio Liturgiju u manastiru Svete Trojice. Na drugi dan najvećeg hrišćanskog praznika, mitropolit Petar se oprostio sa monaštvom i vernim narodom i krenuo nazad u Sarajevo. Bio je to 21. april 1941. godine.
Povratak u Sarajevo
Pošto je stigao u Sarajevo mitropolit Petar je umolio momka Rista Glušca da prikuplja informacije o dešavanjima u gradu, kao i o hapšenju i ubijanju Srba. Jednoga dana Glušac je saznao od svog prijatelja Hrvata, izvjesnog Božića, da je u Banjoj Luci krvnički ubijen vladika Platon. Božić je savetovao Glušca da zamoli mitropolita Petra da beži iz Sarajeva dok još može.
Kada je došao u palatu mitropolije, Glušac je ubeđivao mitropolita kao rođenog oca, da se skloni u Srbiju ili u Crnu Goru. Međutim, mitropolit Petar nije želeo ni da razmišlja o tome.
Tom prilikom je rekao: „Moj sinko, ti misliš da je sve to lako, kad bih ja bio na tvome mjestu to bih mogao lako učiniti, ali ja sam narodni pastir pa me veže dužnost, gdje sam dijelio dobro sa narodom, da isto tako i zlo sa narodom podnosim i dijelim…”
U palatu mitorpolije su 27. aprila 1941. godine došli gestapovci kako bi napravili pretres. Tom prilikom njemački oficiri ne uvažavajući starost i čin mitropolita Petra, povišenim tonom optuživali su ga za štošta. Kao mudar i promišljen čovek, mitropolit je dao adekvatan odgovor. Tog istog dana u mitropoliju je došao i dr Pero Slijepčević kome je mitropolit rekao da oseća da će ga uhapsiti.
Mitropolit Petar i odbrana ćirilice
Početkom maja 1941. godine ustaški poverenik za Bosnu, rimokatolički župnik Božidar Brale, zatražio je od mitropolita Petra da naredi svojim sveštenicima i crkvenim opštinama da više ne pišu ćirilicom i da pečate zamene latiničnim kako bi bio ispoštovan Zakon NDH o stavljanju ćirilice van upotrebe.
Brale je mitropolitu dao rok u kojem ova odluka mora biti ispoštovana. Govorio je i o posledicama koje bi uslijedile u suprotnom.
Mitropolitov odgovor je bio kratak, ali epohalan: „Ćirilovo se pismo ne može ukinuti za 24 sata, a osim toga, rat još uvek nije završen!“
Nakon ovoga mitropolit Petar je svakog trenutka očekivao da bude uhapšen. Okupio je parohijske sveštenike i dao im uputstva kako će delovati u slučaju da se desi najgore.
Hapšenje
Posle podne 12. maja 1941. godine ustaška policija je uhapsila mitropolita Petra u palati mitropolije. Nisu dozvolili da sa njim krene sveštenička pratnja. Čuvši da je mitropolit odveden, prota Janko Brežančić, uprkos upozorenju pohitao je sarajevskim ulicama kako bi sustigao oca Petra.
On je posvjedočio: „Mitropolit je išao naprijed, a za njime policajci. Njegova uspravna figura izgledala je tad još većom i uspravnijom. Išao je polagano, dostojanstveno. Njegovo mramorno, blijedo i svetačko lice, uokvireno u lijepu i bijelu grudu snijega njegove brade, u tom času bilo je još blijeđe, dostojanstvenije i ljepše.”
Ustaše su oterale protu u Mitropoliju. Oko 6 časova posle podne, mitropolit se nije vratio, a vani je počela padati kiša. Prota Brežančić se odvažio i krenuo u upravu policije kako bi dao kišobran mitropolitu Petru, no dežurni satrapin je rekao da je mitropolit odveden.
uga je te večeri zavladala u odajama palate Mitropolije dabrobosanske. Sveštenici su bili na okupu i u tišini i molitvi očekivali šta će se dalje dogoditi.
Ubrzo su saznali da je mitropolit Petar u zatvoru Belediji, ali krvnici nisu dozvoljavali da ga bilo ko poseti. Nakon tri dana mitropolit je u pratnji agenata stigao u palatu gde je uzeo svoje stvari, a po izlasku iz zgrade rekao je poslužitelju: „Čuvaj kuću. Ja odoh u Zagreb!“
Bio je to 15. maj, dan kada je mitropolit Petar poslednji put viđen u Sarajevu.
Stradanje i smrt
Iz Zagreba su mitropolita Petra vodili po brojnim ustaškim logorima. Obrijali su mu bradu, skinuli mantiju i vladičanska dostojanstva, terali ga da u poznim godinama radi najteže poslove. Mučili su ga najstrašnijim mukama.
Ne postoji tačan podatak kako je skončao svoj ovozemaljski život. Naime, postoje tri verzije. Po jednoj, iz Gospića je odveden u Koprivnicu, a zatim prebačen u zagrebačku bolnicu u Stenjevcu. Po drugoj, iz Gospića je odveden u Jadovno gde je zverski ubijen maljem u glavu i bačen u provaliju, najverovatnije u Šaranovu jamu. Po trećoj, koja se zasniva na svjedočenju Jova Furtule i Jova Lubure, mitropolit Petar je ubijen u Jasenovcu i bačen u užarenu peć za pečenje cigle.
U svakom slučaju do danas se ne zna gde je grob mitropolita Petra. Srpska Pravoslavna Crkva ga je proglasila novomučenikom, a Sarajevo Republike Srpske proslavlja sveštenomučenika Petra mitropolita dabrobosanskog kao svoju krsnu slavu.
