На Велику среду, по наговору проте Стевана Петровића, митрополит Петар одлази из Сарајева у манастир Свете Тројице код Пљеваља. Цела област јужне Србије, али и северне Црне Горе у то време били су у саставу митрополије дабробосанске.
По казивању очевидаца, митрополит је дошавши у манастир био сетан, потиштен, па чак и љут на проту Стевана, јер је сматрао да је требао остати са својим народом у Сарајеву. На Васкрс је служио Литургију у манастиру Свете Тројице. На други дан највећег хришћанског празника, митрополит Петар се опростио са монаштвом и верним народом и кренуо назад у Сарајево. Био је то 21. април 1941. године.
Повратак у Сарајево
Пошто је стигао у Сарајево митрополит Петар је умолио момка Риста Глушца да прикупља информације о дешавањима у граду, као и о хапшењу и убијању Срба. Једнога дана Глушац је сазнао од свог пријатеља Хрвата, извјесног Божића, да је у Бањој Луци крвнички убијен владика Платон. Божић је саветовао Глушца да замоли митрополита Петра да бежи из Сарајева док још може.
Када је дошао у палату митрополије, Глушац је убеђивао митрополита као рођеног оца, да се склони у Србију или у Црну Гору. Међутим, митрополит Петар није желео ни да размишља о томе.
Том приликом је рекао: „Мој синко, ти мислиш да је све то лако, кад бих ја био на твоме мјесту то бих могао лако учинити, али ја сам народни пастир па ме веже дужност, гдје сам дијелио добро са народом, да исто тако и зло са народом подносим и дијелим…”
У палату миторполије су 27. априла 1941. године дошли гестаповци како би направили претрес. Том приликом њемачки официри не уважавајући старост и чин митрополита Петра, повишеним тоном оптуживали су га за штошта. Као мудар и промишљен човек, митрополит је дао адекватан одговор. Тог истог дана у митрополију је дошао и др Перо Слијепчевић коме је митрополит рекао да осећа да ће га ухапсити.
Митрополит Петар и одбрана ћирилице
Почетком маја 1941. године усташки повереник за Босну, римокатолички жупник Божидар Брале, затражио је од митрополита Петра да нареди својим свештеницима и црквеним општинама да више не пишу ћирилицом и да печате замене латиничним како би био испоштован Закон НДХ о стављању ћирилице ван употребе.
Брале је митрополиту дао рок у којем ова одлука мора бити испоштована. Говорио је и о последицама које би услиједиле у супротном.
Митрополитов одговор је био кратак, али епохалан: „Ћирилово се писмо не може укинути за 24 сата, а осим тога, рат још увек није завршен!“
Након овога митрополит Петар је сваког тренутка очекивао да буде ухапшен. Окупио је парохијске свештенике и дао им упутства како ће деловати у случају да се деси најгоре.
Хапшење
После подне 12. маја 1941. године усташка полиција је ухапсила митрополита Петра у палати митрополије. Нису дозволили да са њим крене свештеничка пратња. Чувши да је митрополит одведен, прота Јанко Брежанчић, упркос упозорењу похитао је сарајевским улицама како би сустигао оца Петра.
Он је посвједочио: „Митрополит је ишао напријед, а за њиме полицајци. Његова усправна фигура изгледала је тад још већом и усправнијом. Ишао је полагано, достојанствено. Његово мраморно, блиједо и светачко лице, уоквирено у лијепу и бијелу груду снијега његове браде, у том часу било је још блијеђе, достојанственије и љепше.”
Усташе су отерале проту у Митрополију. Око 6 часова после подне, митрополит се није вратио, а вани је почела падати киша. Прота Брежанчић се одважио и кренуо у управу полиције како би дао кишобран митрополиту Петру, но дежурни сатрапин је рекао да је митрополит одведен.
уга је те вечери завладала у одајама палате Митрополије дабробосанске. Свештеници су били на окупу и у тишини и молитви очекивали шта ће се даље догодити.
Убрзо су сазнали да је митрополит Петар у затвору Беледији, али крвници нису дозвољавали да га било ко посети. Након три дана митрополит је у пратњи агената стигао у палату где је узео своје ствари, а по изласку из зграде рекао је послужитељу: „Чувај кућу. Ја одох у Загреб!“
Био је то 15. мај, дан када је митрополит Петар последњи пут виђен у Сарајеву.
Страдање и смрт
Из Загреба су митрополита Петра водили по бројним усташким логорима. Обријали су му браду, скинули мантију и владичанска достојанства, терали га да у позним годинама ради најтеже послове. Мучили су га најстрашнијим мукама.
Не постоји тачан податак како је скончао свој овоземаљски живот. Наиме, постоје три верзије. По једној, из Госпића је одведен у Копривницу, а затим пребачен у загребачку болницу у Стењевцу. По другој, из Госпића је одведен у Јадовно где је зверски убијен маљем у главу и бачен у провалију, највероватније у Шаранову јаму. По трећој, која се заснива на свједочењу Јова Фуртуле и Јова Лубуре, митрополит Петар је убијен у Јасеновцу и бачен у ужарену пећ за печење цигле.
У сваком случају до данас се не зна где је гроб митрополита Петра. Српска Православна Црква га је прогласила новомучеником, а Сарајево Републике Српске прославља свештеномученика Петра митрополита дабробосанског као своју крсну славу.
