Jednog hladnog prolećnog dana 1945. godine – veli Mihailo – otac Justin je služio svetu Liturgiju u zimskoj crkvi (kapeli), i kad je završio oko pola Liturgije, odjednom sa treskom se otvoriše vrata, i oznaši sa vojskom, naoružani puškama i mašinkama (mašingeverima), njih oko dve stotine, dok su držali opkoljen manastir, ova grupa sa automatima na gotovs rupiše u crkvu. Predvodio ih je jedan visok mlađi čovek u kožnom kaputu.
Otac Justin tada je završio više od pola Liturgije, a kraj njega stajao je u oltaru protosinđel dr Vasilije Kostić, potonji episkop žički. Mihailo sa ocem Savom i sestrama bili su za pevnicom. Dok je grupa vojnika sa milicionerima OZNE, razmeštana po crkvi s naperenim automatima čekala naredbu, njihov predvodnik u kožnom kaputu, oficir OZNE, takođe s naperenim revolverom, naglo je ušao u oltar, i ne obraćajući pažnju što se vrši sveta Liturgija viknuo je: „Doktore Justine, uhapšeni ste!“ Zatim se okrete protosinđelu Vasiliju i istim grubim tonom reče: „I vi ste uhapšeni, doktore Kostiću!“
Otac Justin, koji je do tog trenutka, van običaja, služio svetu Liturgiju na crkvenoslovenskom, nastavio je dalje da služi na srpskom rekavši sasvim mirno:“Samo da završim službu Božju“. Taj oficir, koji je došao u Sukovo sa 200 naoružanih vojnika kamionima u zoru da uhapse oca Justina i Vasilija Kostića, po Avinom pričanju ćelijskim sestrama i njegovim monasima studentima, bio je šef Ozne Milenko Bojanić, koji se docnije nalazio na visokom položaju u vladi Titove Jugoslavije. Bojanić je tom prilikom stao na južne dveri oltara i čekao kraj službe u crkvi.
Po završetku svete Liturgije, surovi oznin oficir, tražeći i Jeliseja, sproveo je avu Justina iz crkve stražarno sa Vasilijem Kostićem do konaka, gde su im bile kelije. Dr Vasilije boravio je kod kuće u svom selu kod Pirota, ali je veoma često posećivao oca Justina, kao svog duhovnog oca i učitelja. Tom prilikom odvojili su protosinđela Vasilija u drugu prostoriju pod stražu, a sa ocem Justinom ušao je u njegovu keliju Milenko Bojanić, šef OZNE, sa još nekoliko vojnika. Pošle su i sestre i monasi do konaka za njima, ali ih je oficir OZNE vratio. Na zahtev oca Justina, dozvolili su kao garantnim svedocima monahinji Paraskevi i Mihailu da uđu za njim u Avinu keliju. Nastao je odmah pretres knjiga i svih spisa i stvari oca Justina. Pregledali su svaku stvar i prelistali svaku knjigu. Milenko Bojanić pitao je za svaki nađeni papirić da li je to neka šifra. Pitao je isto tako i za pisma i čestitke. On je zahtevao od oca Justina da sve to dešifruje, na šta je otac Justin kratko odgovorio:“Ja ovde nemam šta da dešifrujem, osim kako tu piše. A Vi, ako šta imate, izvolte, dešifrujte“.
Za sve vreme pretresa, koji je trajao više od dva sata, otac Vasilije Kostić bio je u drugoj sobi. Otac Justin, međutim, bio je za sve to vreme staložen i raspoložen tako, da je svojim nadahnutim rečima i raspoloženim stavom zadivljavao prisutne vojnike. Jedino je šef OZNE Bojanić, dok su mu njegovi saradnici prinosili stvari i knjige na pregled, uznemireno i nervozno preturao i prelistavao po njima, mrmljajući nešto ili grubo zapitkujući Avu šta će da mu „dešifruje“. Najzad, jedan od vojnika koji je tu pomagao svom šefu, dobivši slobodu i hrabrost Avinim raspoloženjem i ponašanjem, iako je držao u desnoj ruci automat, zapita ga blago: „Mogu li da skinem ikonu i pogledam?“ Otac Justin zausti da mu potvrdno odgovori, međutim, Bojanić, držeći u ruci neke spise, zgranu se, valjda što vojnik pomenu „ikonu“, a ne sliku, i što je uzeo slobodu da pita zatočenika u njegovom prisustvu i veoma grubo viknu na oca Justina: „Zabranjujem Vam da govorite!“
Ava Justin, kao da ga dobro ne ču, dovrši što je počeo i reče vojniku. „Samo vi skinite i pogledajte“.
Posle toga otac Justin je ćutao. Nešto docnije, prelistavajući jednu knjigu, oficir OZNE reče ocu Justinu: „Potrebno mi je da ovo prevedete“.
Ava mu odgovori: Zabranjeno mi je da govorim“. „Ali ja to zahtevam od vas!“ – nastavi grubo oficir. „Vi ste Vaš posao obavili, uhapsili ste me, tamo gde bude trebalo, odgovaraću“ – reče Ava. Tada je šef OZNE udaljio iz Avine kelije i Mihaila i monahinju Paraskevu.Čak i vaskršnja šarena jaja, koja je stara monahinja Hristina donela iz Svete Trojice sa Ovčara za Vaskrs ocu Justinu i ocu Jeliseju, bila su tom šefu OZNE sumnjiva, i on ih je razbijao jedno po jedno, zagledajući da bi u njima nešto našao. Razbijajući jedno jaje, upita oca Justina: „Šta ovo treba da znači?“, ukazujući rukom na jajetu skraćeno napisano: Hristos voskrese! Ava Justin mu reče: „Pa zar je za Vas šifra našareno uskršnje jaje sa čestitkom osmogodišnjeg deteta?!“ Zatim mu objasni da mu je to jaje poslalo dete koje je kod bake u Svetoj Trojici.
Tek što su sišli iz konaka u portu Mihailo i namesnica manastira Paraskeva, za njima su silazili i otac Justin i protosinđel dr Vasilije u pratnji oficira OZNE M.Bojanića i vojnika.
U to vreme, dok je Ava ležao u zatvoru, komunisti su mu zaplenili u Patrijaršiji, pored drugih knjiga i stvari, i veliki broj na lageru knjiga prvog i drugog toma njegove Dogmatike. Zato se više od 30 godina posle rata osećala velika oskudica u tim izuzetnim udžbenicima i na Teološkom fakultetu i u Bogoslovijama, jer su bili uništeni. Otac Justin ostao je tada kod prijatelja, kao i u nekim manastirima, kao što je Ravanica i Devič, sve do 28. maja 1948, kada je prešao u manastir Ćelije kod Valjeva.
U Pirotu su oba ova duhovnika zatvoreni i na razne načine mučeni i maltretirani, na 15 dana pre svetog Nikole, 3. ili 4. decembra 1946.godine. Posle sedam dana, kada su islednici završili svoj posao i uverili se u OZNI da to nisu nikakvi politički protivnici, već duhovnici hrišćanske vere i nauke, sproveli su ih u Beograd, gde su u zatvoru proveli još sedam dana.
