Tog 15. juna 1999. godine, nešto pre 11 sati, otac Hariton je ispred episkopskog dvora u Prizrenu primio svoje poslednje poslušanje. Trebalo je otići u grad, po hranu. Rekavši „Neka je blagosloveno“, krenuo je automobilom, bez straha. U samom gradu bio je zaustavljen od trojice terorista i legitimisan.
Odmah po legitimisanju, teroristi crnih uniformi i još crnjih duša odveli su ga njegovim autom u nepoznatom pravcu. Ovo se dešavalo naočigled nemačkih vojnika u sastavu NATO „mirovnjaka“. Ceo događaj video je i jedan nemački novinar, fotografisao i istog dana obavestio episkopiju. Počeo je golgotski put novog Hristovog mučenika.
Mučenički put oca Haritona
Na njegova pleća stavljen je poslednji i najteži krst – mučeništvo za Hrista. Poneo ga je kao krotko jagnje, potpuno mirno, ne mareći za raznovrsnost i veličinu muka, kako je ranije sâm govorio.
Svezlobni neprijatelj ljudskoga roda, sve vreme vodivši nevidljivi duhovni rat protiv njega, sada je svom silom, u licu svojih slugu, napao na ovo jagnje Božije. Jedan od ranije pomenutih noževa zablistao je na junskom suncu, negde u Prizrenu, i posle mnogo zadatih rana odsekao mučeniku glavu.
Čista i neporočna duša novog Hristovog mučenika istog trenutka odletela je u nebeske obitelji Gospodu svome, koga je toliko volela i zbog koga je toliko trpela.
Rat je bio dobijen, trka završena, vera održana a pobednika je na nebesima čekao venac pravde (Up. 2. Tim. 4. 7, i radosni glas podvigopoložnika Gospoda Hrista: „Dobro slugo dobri i verni, u malome si mi bio veran, nad mnogim ću te postaviti; uđi u radost Gospodara svojega“ (Mt. 25, 21).
Telo oca Haritona je tajno zakopano
Telo njegovo zlikovci su tajno zakopali u mestu Tusus kod Prizrena. Zajedno sa telom zakopane su, od strane KFOR-a, kao i ubica, sve informacije o njemu. Jedino što je u tim trenutcima ostalo živo bile su crne slutnje da je ubijen.
Otac Ilija, nekadašnji njegov duhovnik u svetu, primajući vest o njegovom nestanku, nebeski je mirno i ubedljivo rekao: „Otac Hariton je mučenik za Hrista“. Vreme je prolazilo a sa njim i tračak nade da je monah Hariton još uvek u životu.
Otkrivanje moštiju mučenika
U periodu neizvesnosti, mučenik se nekima od bratije i u snu javljao, govoreći da je postradao. Gospod, koji proslavlja one koji Njega proslavljaju, ne želeći da njegov podvig i mučenički venac velom tajne ostanu pokriveni, blagoizvoleo je da ljudima otkrije njegov udeo ukazavši na mesto gde je njegovo sveto telo sahranjeno i pokazavši kakva je bila njegova končina.
Telo je pronađeno u avgustu 2000. godine od strane Komisije za eshumaciju tela nestalih i kidnapovanih Srba. Nedaleko od oca Haritona pronađena su i tela nekoliko Srba postradalih u isto vreme.
Mošti mučenikove su pronađene bez glave
Mošti mučenikove nađene su bez glave. Utvrđeno je da je ona odsečena oštrim predmetom. Kosti ruke bile su polomljene, kao i kičma, kojoj je nedostajalo nekoliko pršljenova. Podrasnik i džemper bili su u predelu srca na nekoliko mesta izbodeni nožem. Džemper je sa prednje strane bio rasporen.
Bili su to najbolji dokazi neopisivih muka koje je ovaj prepodobnomučenik podneo za Hrista, poput prvih hrišćanskih mučenika iz vremena zverskih rimskih careva.
Prenos moštiju i poslednji blagoslov
Mučenikovo telo ubrzo je iz Prizrena kao iz korena iščupani crveni kosovski Božur uneto u manastir Gračanicu, gde je odslužen parastos (11. novembra, 2000. godine). Tu su mu se verni sa ljubavlju poklonili. Sutradan, je preneseno u njegov prvi manastir – Crnu Reku.
Išlo se zaobilazno, zbog demonstracija šiptara na putu. Satvorivši tako veliki sveti vhod od Prizrena, preko Gračanice do Crne Reke, mučenik je svojim svetim telom predao svoj poslednji blagoslov namučenoj kosovsko – metohijskoj zemlji, za koju će pred prestolom tvorca do skončanija vjeka prinositi molitve, zajedno sa svima svetima Nebeske Srbije.
Sv. novomučeniče Haritone, moli Boga za nas grešne Srbe.