Po dolasku nove komunističke vlasti u Jugoslaviju, 1945. godine, Justin je prognan sa Beogradskog Univerziteta (zajedno sa još 200 srbskih profesora), a zatim je i uhapšen i zatvoren. Uhapšen je u manastiru Sukovu kod Pirota i sproveden u beogradski zatvor, zajedno sa svojim duhovnim čedom, jeromonahom Vasilijem (Kostićem), koji će kasnije, kao Vladika Banjalučki, biti proganjan, a kao Episkop Žički još jednom biti u komunističkom zatvoru. Iz zatvora su o. Justin i o. Vasilije spašeni dolaskom u to vreme (novembra 1946) iz izgnanstva Patrijarha Srpskog Gavrila (Dožića). Zamalo streljan kao „narodni neprijatelj“, prof. Justin Popović proteran je iz Beograda, bez penzije, lišen ljudskih, verskih i građanskih prava. Menjao je manastire u kojima je boravio (Kalenić, Ovčar, Sukovo, Ravanica), ali nijedna obitelj nije smela duže da ga zadrži.
Po promislu Božijem, međutim, u jednom susretu u Beogradu u proleće 1948. godine, tadašnja igumanija svetoćelijska, mudra i odvažna mati Sara, pozvala je oca Justina u ženski manastir Ćelije kod Valjeva, gde on živi praktično u kućnom pritvoru od 27. maja 1948 radeći na svojim spisima i prevodima, služeći svakodnevno Božansku liturgiju, i kao predani duhovnik monahinjama i svem pobožnom svetu, kao učitelj i uzor brojnim naraštajima pravoslavnih srpskih i stranih bogoslova, kao „skrivena savest cele Srpske Pravoslavne Crkve i naroda“ (po rečima grčkog teologa i akademika Jovana Karmirisa).
Neprestano je praćen, često isleđivan u Udbi, ograničavana mu je sloboda kretanja i susreta, ali nikada nije bio ostavljen od ćelijskog sestrinstva koje je zbog i radi njega stradalo od bogobornih komunističkih vlasti.
Retko koji časopis posle Drugog svetskog rata, inače malobrojne crkvene periodike pod komunističkom okupacijom, usudio se da štampa koji tekst o. Justina, tako da posle 1945. godine beležimo tek četiri teksta objavljena u otadžbini, jedan u „Pravoslavnom misionaru“ (1958), dva u „Glasu Pravoslavne Eparhije Niške“ (1968, 1969), i četvrti u „Pravoslavlju“ (1969). Tome pridodajemo i dva objavljena u emigraciji, u „Amerikanskom srbobranu“ (1969) u Pitsburgu u Americi i u „Kalendaru Svečanik“ u Minhenu (1970).
Naročito je zapažena duhovnička delatnost oca Justina i njegovo živo i plodotvorno opštenje sa pravoslavnom braćom Rusima i Grcima. Ruski duhovnici su mu bili ispovednici, sa ruskim izbeglicama kod nas družio se doživotno, a grčke posetioce dočekivao je kao dolaznike iz apostolskih i svetootačkih vremena i krajeva. Kao čovek i duhovnik otac Justin je inače uvek bio otvoren, pun ljubavi za svako ljudsko biće, pogotovu za iskreno tražeću i žednu istine inteligenciju, a osobito za omladinu i studente. Mnogo je živih svedočenja da su njegova vera i vatrena odanost Hristu i Istini, duboka učenost i mudrost, pronicljivost i bogorečitost izvršili presudni uticaj na opredeljenje mnogih za monaški život. Zato je i pre i posle rata duhovno odgajio i u episkopsku službu uputio desetinu svojih učenika, a u svešteničku službu i monaški podvig na stotine i hiljade mladih duša.
Na svakom bogosluženju molio se sa obilnim suzama. Često se na molitvi u crkvi toliko rasplakao, da se ponekad i zagrcnuo, što su svi prisutni u hramu primećivali, mada je on nastojao da taj dar suza prikriva. Spominjao je na Svetim Liturgijama na stotine imena koja su mu pošiljana, lično ili pismima, od ljudi sa mnogih strana, koji su ga molili da se moli za žive i upokojene srodnike i poznanike. Uz ova imena ljudi su često davali ili slali novac, pa je to bio jedan od izvora prihoda za manastir Ćelije, a i za njegove lične troškove, koji su uglavnom išli na putovanje i nabavku papira za pisanje i kucanje mnogobrojnih radova, nastalih u tom ćelijskom periodu života i rada ovog neumornog Podvižnika, Mislioca, Bogoslova i Duhovnika, u srpskoj hrišćanskoj hiljadugodišnjici svakako jednoga od najvećih.
Justin nikada nije mogao biti vraćen na Univerzitet, na svoju katedru Dogmatike, ali su kod njega tajno dolazili mnogi univerzitetski profesori, ne samo teolozi, nego i sa drugih fakulteta, naročito lekari i psiholozi, a još češće pojedini pesnici i književnici na razgovore i savete. (Jedan od pisaca i pesnika, advokat Milan D. Miletić, nedavno je objavio predivnu manju knjigu ličnih „svedočenja o Svetom Avi Justinu“, pod karakterističnim naslovom „Zaljubljen u Hrista“, Beograd, 2002). Pogotovu mu je dolazila studentska omladina, koja se interesovala ličnim i opšteljudskim životnim problemima savremenosti. Zato je imao i sticao sve veći broj učenika. Imao je dosta prijatelja po Evropi i Americi, koji su ga tajno snabdevali onom najvažnijom novom teološkom i filosofskom literaturom, tako da je bio sasvim upućen u tokove savremenog zapadnog sveta i posebno zapadnog hrišćanstva. Nije ostajao ni van problematike savremenog ekumenizma, pa je kao plod tog njegovog interesovanja nastala knjiga „Pravoslavna Crkva i ekumenizam“ (izašla na srpskom i grčkom, u Solunu 1974; zatim na ruskom i rumunskom).
