Episkop Isaija Đaković je ostao u Beču i po dobijanju Privilegije, dok su na Balkanu napredovale osmanske trupe.
Do kraja septembra u rukama su imali sve sem Beograda. Tatarska konjica je sve češće prelazila u Srem. Komandant Beograda general Ferdinand Robert fon Aspremont naredio je da se svi ranjenici i bolesnici presele u Zemun odakle su 29. septembra upućeni u Petrovaradin i Slankamen.
Tada su grad napustili patrijarh i dosta naroda. Beograd je uz veliki pokolj pao 8. oktobra 1690, posle čega je general Gvidobald fon Štaremberg naredio da se isprazne i poruše Šabac, Sremska Mitrovica, Rača i Slavonski Brod, kako ne bi postali osmanska uporišta.
Vreme seobe Srba
Istovremeno odvijala se Velika seoba Srba. Stanovništvo je bežalo iz Šumadije, Mačve, Istočne Srbije, Kosova i Metohije, Makedonije, Srema, Banata, Bačke i drugih srpskih krajeva. Monasi su nosili kivote sa svetiteljima i manastirske dragocenosti, drugi šta su mogli poneti. Izgledalo je kao da ceo narod napušta jednu zemlju.
Kretali su se različitim putevima, najčešće uz Dunav ka severu. Deo stanovnika se zadržao oko Segedina i u Baranji, dok je drugi nastavio put do Budima, Pešte i pustare porodice Ziči – Sentandreje. Bilo je Srba koji su se zaustavili tek kod Ostrogona i onih koji su sa patrijarhom 17. novembra 1690. stigli u Komoran.
Naseljavanja oko Budima i Sentandreje
Srbi su u Velikoj seobi naselili sela između Budima i Sentandreje, pojačali su živalj Baje, Segedina, Pečuja, Velikog Varada, Jegre, Debrecina, Kečkemeta, Satmara, Tokaja i Šimontornje ali u same gradove odnosno tvrđave nisu puštani. Smeštani su u njihovu okolinu u zemunicama i privremeno napravljenim skloništima.
Tačan broj Srba koji se preselio u Velikoj seobi je nemoguće utvrditi, ali on po svim izvorima nije prelazio 80.000. U novoj sredini nisu bili dobro- došli niti su mađarski staleži i rimokatolička crkva poštovali carevu Privilegiju.
Zaštita je morala da se ponovo traži u Beču gde je opet otišao Isaija Đaković, dok se po savetu Adama Feldvarija, rođaka grofa Đorđa Brankovića, patrijarh obratio ugarskom kancelaru grofu Blažu Jaklinu.
Početkom 1691. car, patrijarh i narodni prvaci su želeli da bude izabran vojvoda Srba, ali sa različitim motivima. Leopold I je na ovaj način nameravao da osigura što više vojnika, a Srbi zauzimanje čvršćeg stava prema dvoru. Izbor je zakazan za 12. mart 1691. u Budimu, ali pošto starešine do tada nisu mogle da se skupe, odložen je na kraće vreme.
Isaija Đaković je uticao na prvake da za vojvodu između 20. i 22. marta 1691. izaberu grofa Đorđa Brankovića, ali je zbog sudske istrage protiv njega izbor morao biti ponovljen, odnosno naređeno je da se izabere podvojvoda, dok se ne dokaže Brankovićeva nevinost.
Davanje Druge privilegije od strane cara
Za podvojvodu je 6/7. aprila 1691. izabran Komoranac Jovan Monasterlija, koji je odmah poveo srpsku vojsku na jug, da bi sa carskim jedinicama sprečio dalji prodor neprijatelja. Osmanlije su zaustavljene u Bici kod Slankamena, a car je ne znajući za ovu pobedu, dan kasnije, 20. avgusta 1691. darovao Srbima Drugu privilegiju. Njome su potvrđena prava data godinu dana ranije, a pored toga još je stečeno za crkvu:
pravo kaduciteta i dozvola da svi Srbi zavise, kako u duhovnim, tako i u svetovnim stvarima, od svog arhiepiskopa.
Grof Branković nije bio zadovoljan što je patrijarhova vlast Drugom privilegijom znatno ojačala u odnosu na vlast vojvode, za koju se još nadao da će mu pripasti. On i car su dobro znali da patrijarh ne može uživati prerogative svetovne vlasti, kao i da zemlja posle smrti osoba bez naslednika i testamenta mora pripasti vlasniku poseda, a ne crkvi, ali u trenutku kada su Osmanlije u rukama imale Beograd i kretale se ka severu, to je bilo manje važno.
Leopoldu I je bilo dobro poznato da patrijarh može uticati na Srbe da što više njih pomogne zaustavljanje Osmanlija, a to je jedino bilo važno avgusta 1691. U proceni se nije prevario.
Novi izazovi za srpski narod i patrijarha Arsenija Čarnojevića
Srbi se nisu nadali da će trajno ostati na prostoru severno od Save i Dunava, ali je to postajalo sve izvesnije. Nove okolnosti su donosile i nove izazove sa kojima se suočila crkva i patrijarh Arsenije III Čarnojević.
Među prvima je bilo plaćanje poreza i borba protiv verskih pritisaka. Preseljeni Srbi su bili oslobođeni poreza tri godine, što je car Leopold I garantovao više puta, navodeći (1691. i 1692) da ga neće plaćati sve dok traje rat.
Pitanje plaćanja poreza
Drugačiji stav su imale ugarske županije i vlasnici privatnih poseda na kojima su živele srpske zanatlije i trgovci. Županije su morale da skupljaju kontribuciju – porez kojim je finansirana vojska, zato se njihovi činovnici nisu osvrtali na carske naredbe, tvrdeći da svako oslobođenje Srba od poreza znači smanjenje vojnih finansija.
Patrijarh, podvojvoda i narodni prvaci su smatrali da porez ne može davati niko ko nije stalno naseljen u Monarhiji, a Srbi to nisu bili. Na kraju je rešeno (28. juna 1692) da se poresko oslobođenje može odnositi samo na porodice onih Srba koji su mobilisani, dok oni koji su se bavili zemljoradnjom, zanatstvom ili trgovinom, moraju da ga predaju županijskim kasama.
Kada se sa tom naplatom ozbiljnije počelo 1693. došlo je do nemira. Svaka strana je želela da iskoristi svoj položaj, županije da naplate što više poreza, Srbi da ga daju što manje. Budimska komorska administracija je 12. aprila 1693. potvrdila da poreze moraju dati svi Srbi koji nisu angažovani u vojsci.
Verski pritisci na Srbe da se pokatoliče ili pounijate
Znatno ozbiljniji problemi po pravoslavnu crkvu bili su verski pritisci da Srbi pređu na uniju ili se pokatoliče. Među prvim oblastima koje su se našle na udaru katoličkog prozelitizma bio je Srem gde su jakom pravoslavnom identitetu doprinosili manastiri i tradicija. Ipak, čak je i ovde 1688. za unijatskog episkopa i vikara sremskog biskupa Franje Janija postavljen Longin Rajić.
Kada je on krajem 1689. Umro, zadatak da proširi uniju poveren je njegovom bratu, orahovačkom arhimandritu Jovu. Za to vreme su u Baranji pečujski biskup Matija Radanović-Radanaji i dvorski komesar za uređenje Neoakvistike baron Tulije Miljio fon Prumberg bili glavni zagovornici unije.
Širenje unije
Baron Miljio se 1689. dogovorio sa Jovom Rajićem da on i predstavnici šesnaest sela iz manastirske okoline prihvate uniju. Ovo je ozvaničeno 18. januara 1690. kada su u Pečuju potpisali prihvatanje katoličke vere, obavezu da šire uniju, dozvolu da jezuitski sveštenici dolaze u njihove domove i školuju njihovu decu.
Uniju je tada u Pečuju prihvatio i grabovački iguman Jeftimije Njegomirović čiju je duhovnu vlast grof Miljio proširio na oblast između Dunava i Drave.
Zaštitno pismo
Car Leopold I nameravajući da i u novim sukobima se Osmanski carstvom, čija je vojska već zagazila preko Save i Dunava, koristi srpske ratnike, je 11. decembra 1690.godine preko Ugarske dvorske kancelarije izdao Zaštitno pismo naređujući svim predstavnicima vlasti i rimokatoličke crkve da Srbima ne nanose štetu, nego da poštuju njegovu Privilegiju koje izdao 21. avgusta iste godine.
