По доласку нове комунистичке власти у Југославију, 1945. године, Јустин је прогнан са Београдског Универзитета (заједно са још 200 србских професора), а затим је и ухапшен и затворен. Ухапшен је у манастиру Сукову код Пирота и спроведен у београдски затвор, заједно са својим духовним чедом, јеромонахом Василијем (Костићем), који ће касније, као Владика Бањалучки, бити прогањан, а као Епископ Жички још једном бити у комунистичком затвору. Из затвора су о. Јустин и о. Василије спашени доласком у то време (новембра 1946) из изгнанства Патријарха Српског Гаврила (Дожића). Замало стрељан као „народни непријатељ“, проф. Јустин Поповић протеран је из Београда, без пензије, лишен људских, верских и грађанских права. Мењао је манастире у којима је боравио (Каленић, Овчар, Суково, Раваница), али ниједна обитељ није смела дуже да га задржи.
По промислу Божијем, међутим, у једном сусрету у Београду у пролеће 1948. године, тадашња игуманија светоћелијска, мудра и одважна мати Сара, позвала је оца Јустина у женски манастир Ћелије код Ваљева, где он живи практично у кућном притвору од 27. маја 1948 радећи на својим списима и преводима, служећи свакодневно Божанску литургију, и као предани духовник монахињама и свем побожном свету, као учитељ и узор бројним нараштајима православних српских и страних богослова, као „скривена савест целе Српске Православне Цркве и народа“ (по речима грчког теолога и академика Јована Кармириса).
Непрестано је праћен, често ислеђиван у Удби, ограничавана му је слобода кретања и сусрета, али никада није био остављен од ћелијског сестринства које је због и ради њега страдало од богоборних комунистичких власти.
Ретко који часопис после Другог светског рата, иначе малобројне црквене периодике под комунистичком окупацијом, усудио се да штампа који текст о. Јустина, тако да после 1945. године бележимо тек четири текста објављена у отаџбини, један у „Православном мисионару“ (1958), два у „Гласу Православне Епархије Нишке“ (1968, 1969), и четврти у „Православљу“ (1969). Томе придодајемо и два објављена у емиграцији, у „Американском србобрану“ (1969) у Питсбургу у Америци и у „Календару Свечаник“ у Минхену (1970).
Нарочито је запажена духовничка делатност оца Јустина и његово живо и плодотворно општење са православном браћом Русима и Грцима. Руски духовници су му били исповедници, са руским избеглицама код нас дружио се доживотно, а грчке посетиоце дочекивао је као долазнике из апостолских и светоотачких времена и крајева. Као човек и духовник отац Јустин је иначе увек био отворен, пун љубави за свако људско биће, поготову за искрено тражећу и жедну истине интелигенцију, а особито за омладину и студенте. Много је живих сведочења да су његова вера и ватрена оданост Христу и Истини, дубока ученост и мудрост, проницљивост и богоречитост извршили пресудни утицај на опредељење многих за монашки живот. Зато је и пре и после рата духовно одгајио и у епископску службу упутио десетину својих ученика, а у свештеничку службу и монашки подвиг на стотине и хиљаде младих душа.
На сваком богослужењу молио се са обилним сузама. Често се на молитви у цркви толико расплакао, да се понекад и загрцнуо, што су сви присутни у храму примећивали, мада је он настојао да тај дар суза прикрива. Спомињао је на Светим Литургијама на стотине имена која су му пошиљана, лично или писмима, од људи са многих страна, који су га молили да се моли за живе и упокојене сроднике и познанике. Уз ова имена људи су често давали или слали новац, па је то био један од извора прихода за манастир Ћелије, а и за његове личне трошкове, који су углавном ишли на путовање и набавку папира за писање и куцање многобројних радова, насталих у том ћелијском периоду живота и рада овог неуморног Подвижника, Мислиоца, Богослова и Духовника, у српској хришћанској хиљадугодишњици свакако једнога од највећих.
Јустин никада није могао бити враћен на Универзитет, на своју катедру Догматике, али су код њега тајно долазили многи универзитетски професори, не само теолози, него и са других факултета, нарочито лекари и психолози, а још чешће поједини песници и књижевници на разговоре и савете. (Један од писаца и песника, адвокат Милан Д. Милетић, недавно је објавио предивну мању књигу личних „сведочења о Светом Ави Јустину“, под карактеристичним насловом „Заљубљен у Христа“, Београд, 2002). Поготову му је долазила студентска омладина, која се интересовала личним и општељудским животним проблемима савремености. Зато је имао и стицао све већи број ученика. Имао је доста пријатеља по Европи и Америци, који су га тајно снабдевали оном најважнијом новом теолошком и философском литературом, тако да је био сасвим упућен у токове савременог западног света и посебно западног хришћанства. Није остајао ни ван проблематике савременог екуменизма, па је као плод тог његовог интересовања настала књига „Православна Црква и екуменизам“ (изашла на српском и грчком, у Солуну 1974; затим на руском и румунском).
