Јован Стојковић Бабунски је прозван тако по планини Бабуни која му је служила као средиште и уточиште четовања. На тој планини је до десете године чувао стоку. Рођен је 25.12.1875. године у селу Мартолце, на левој обали реке Десне. До ослобођења, 1912. године, село је имало пет стотина становника – Срба хришћана и било је удаљено пет сати хода од Велеса. Налазило се у области која се називала „Азот“ (део Велешке казе). Мајку није запамтио, умрла је када је имао две године. Отац Стоилко био је паметан и способан сељак, па је сина Јована 1886. године уписао у школу код учитеља Димка Најдовића у селу Оморане, исто у Азоту (село Оморане је до 1912. имало 900 становника – 770 Срба хришћана и 130 муслимана). Деца су учила писање српске азбуке, најпре на песку, а затим на хартији. Најдовић је био последњи српски учитељ по старом методу у Велешкој кази. За две године, Јован је изучио часловец, псалтир и певање у цркви. У селу Богомилу је добио сведочанство о завршеном четвртом разреду основне школе (село у Азоту са 1000 становника – Срба хришћана). У том месту је и пре 1878. године постојала српска школа са модерном методом. Јованов отац Стоилко није се мирио са тренутним статусом сина, па га је преко српског конзулата у Скопљу послао на даље школовање у Београд 1889. године и то као питомца Друштва Светог Саве. Тада су га још увек звали Јован Стојковић Мартолски. Завршавао је Богословско-учитељску школу на којој је предавао и Милош Милојевић. Турци су се бунили против ове школе, па је затворена. Образовање је наставио у Нишу. Завршио је Учитељску школу 1896. године.
У то време, бугарска организација је свим средствима бранила отварање српских школа у Старој Србији и Македонији. Потплаћивали су турске чиновнике, а претњама и убиствима Срба није било краја. Бугари ни у кафане нису примали Србе.
Циљ је био одрођавање Срба и одвајање од матице, због чега су Бугари развили праву варварску борбу. Убиства Срба су учестала, а превршена је свака мера када су Бугари убили Петра Ташевића из Башиног села код Велеса. Чак је и грчки владика Антим у Велесу био против Срба. Плашио се да му не одузму епархију. Српске школе су се ипак отварале, па су и поједина бугарска села слала децу у те школе због спремних учитеља.
Јован Стојковић је за учитеља постављен у селу Теову у Велешкој кази (село се налази на домаку Бабунске клисуре). Село је имало 900 становника, подељено на Србе и Бугаре. Јован је тада већ био повезан са Скопским четничким одбором који је први основан од стране проте Стевана Димитријевића. Тада се и појавила прва бугарска чета неког Пана Арнаутова из села Ораовца која је убијала Србе. У Теову су покушали да убију Јована Стојковића и свештеника Анастаса Миленковића, али нису успели, обојица су били наоружани и спремни. Јован је преживео заседу бугарске чете, схватајући да није једина већ да се од 1901. године појављују такве чете по целој Старој Србији и Македонији. Лажно су проповедали борбу против Турака и јединство народа – Срба и Бугара. Због подељених националних заједница, предлагали су да се не употребљавају речи Србин или Бугарин, већ да се сви означавају као Македонци. На организацији чета је радио један од вођа ВМРО, бугарски револуционар Борис Сарафов (касније учествовао у подизању Илинденског устанка, али је међу првима напустио устанике и вратио се у Софију). Још пре Св. Илије 1903, Бугари су уносили много оружја у Стару Србију и Македонију, а долазили су и њихови активни високи официри. Устанак који су подигли (Илинденски или Светоилијски) у околини Велеса и Битоља, угушен је за кратко време од стране Турака и Арнаута. Бугарска ВМРО је имала идеју да устанком заинтересује велике силе, са циљем добијања аутономије за Македонију, како би се припојила Бугарској по моделу Источне Румелије из 1885. После угушења устанка, Бугари појачавају организацију чета (од 1904. године), које сада делују против Срба и Грка. Силом су бугарили Србе по Старој Србији и Македонији, а на удару су посебно били учитељи и свештеници.
Због страха од лошег развоја политичких прилика, српска влада тада није помагала. Када је гоњење постало несношљиво и када је већ било питање да ли ће се сви Срби побугарити („свећа догорела до ноката“, како стоји у једном казивању), почеле су да се организују и српске чете. Најпре су то учинили Срби у Кумановској кази, а први међу њима Јован Станојковић Довезенски из села Довезенца. Српска влада се преломила да помаже тек када је видела огроман успех слабе чете Довезенског.
Јован Стојковић Бабунски је основао чету од 35 људи и то после оснивања чета Глигора Соколовића и Тренка Рујановића из Крапе (српско село поред Прилепа). Јовану су бугарске чете (ВМРО) убиле брата Темељка и синовца у Мартолцу 1905. године, па многи сматрају да је то био разлог његове борбе, али је Јован са тим отпочео много раније.
Бабунски је први издржао најстрашније бугарске нападе и успешно постигао надмоћ над њима.
Чету Јована Бабунског најпре је јурио Стеван Димитров са својом четом од 50 људи и Шиваров са својом четом. Постављали су му заседе, јављали и Турцима где се креће, посебно око преласка Вардара. Претили су смрћу сваком ко помогне чету Бабунског. Јован је прешао у Прилепску казу и састао се са Глигором и Тренком, где су договорили да организују напад на Стевана Димитрова. Битка се одиграла 27. априла 1905. године на планини Високо између Прилепа и Пореча код села Ореша. Уништена је цела чета Димитрова. Већ у јуну, Јован Бабунски заједно са Глигором сукобљава се са бугарским четама Костадинова (активни бугарски поручник), Дачова и Сугарева који су водили 120 људи. То је позната битка на планини Мукос. Бугарске чете су биле разбијене, али су се приближавали и Турци из Прилепа, па су Бабунски и Глигор били принуђени да одступају под ватром.
Јуна 1905. године, бугарска чета под командом Јована Алабака са 75 људи је кренула да запали чувено српско село Крапу код Прилепа. Јован Бабунски, Тренко и Глигор са својим четама су их напали на брду Мовнатац код Прилепа (познато по Марку Краљевићу) и разбили их. Јован Алабак је побегао и прикључио се чети Сугарева и са 60 људи су поново кренули да траже Бабунског и Глигора. Доживели су пораз код села Ореша у Велешкој кази, где су их Бабунски, Глигор и Сретен Рајковић потукли. Рајковић је био активни потпоручник српске војске и један од најбољих војних саветника Бабунског. Сугарев и Алабак су се сакрили у неком плоту, чета им изгинула и разбежала се, а српске чете су морале да се повуку због доласка Турака из села Богомила. Бабунски и Глигор су се поново срели са Алабаком у Теовском пољу, где су га потукли, после чега је побегао чак у Бугарску. Након тога, Јован Бабунски је на Злом Долу убио Турчина кога су звали Пеша Паша, познатог зликовца над Србима (убијао је све српско што му је долазило под руку, па и жене и децу). Јован се склонио са тог терена како би избегао турске потере.
Бугари су у 1906. и 1907. години кренули организовано са већим четама из Бугарске, предвођеним редовним официрима бугарске војске да напокон рашчисте са српским четама у Прилепској и Велешкој кази. Бабунски је прихватио борбу са бугарским војводом Секулом у селу Смиловце испод Бабуне. Војвода Секула је побегао, а чета му је уништена. Његови су га због тога везаног одвели у Софију. Следећа борба била је између села Никодин, Крстец и Ораовац код Прилепа, где су Бабунски и Глигор потукли бугарске војводе Петра Ацева и Ђорђија Мориховског. Ацев је побегао, а Мориховски је погинуо.
Бугарски војвода Антон, иначе, Чех по националности, активни бугарски официр, заклео се да ће са својом четом да разбије Бабунског и Глигора и везане их доведе у Софију. Није имао среће. Додуше, ту су били још и чете војводе Цене (Александар Цене Марковић), Јована Долгача и Василија Трбића. Антон их је напао у селу Клепа и у почетку имао успеха, али је после потпуно поражен и сам погинуо. Из Прилепа и Велеса су тада на српске чете кренули Турци са озбиљном војском. Борба је трајала до мрака, било је доста погинулих и рањених на обе стране (штета је што не постоји потпуни списак свих погинулих српских јунака из овог тешког времена борбе за голи опстанак).
После месец дана, Бугари поново нападају. Костадинов, Сугарев и Дако са 200 људи напали су у селу Нежилову српске чете (село је до 1912. имало 600 становника – Срба хришћана). Са другог правца напали су Турци са војском (око 60 људи). Борба је трајала целог дана, али без победника. Рањених и погинулих било је на све три стране. Српске чете су дуго одолевале Бугарима на једној, а Турцима на другој страни, па су због надмоћности противника морали да се повуку.
Дуго након тога у том крају је трајао миран период (Костадинов је после тога убрзо погинуо у сукобу са другим српским четама).
Нова бугарска чета појавила се у Азоту 1907. године и почела да узнемирава српска села, чак су и по путевима пресретали људе, пребијали и пљачкали. Убијали су и обичне сељаке, не само свештенике и учитеље. Бабунски и Трбић су одлучили да сузбију ову чету. Пронашли су је у селу Дренову. Бугарску чету је водио Стеван Димитров (вођа ове бугарске чете је имао исто име и презиме као и вођа чете у борби код Ореша 1905, због чега многи мешају ове две битке. Додуше, први Стеван је сам себе називао „бугарским краљем Македоније“, а други „Вардарцем“). Ову чету коју су у Дренову напали Бабунски и Трбић више је сматрана разбојничком и пљачкашком. Српски четници су се обукли у арнаутска одела и тако неопажено ушли у село. Моменат изненађења је можда био и пресудан. Борба је трајала око четири часа и завршила се српском победом. Један од важнијих тренутака је био када се Коста Калајџија из села Теова неопажено попео на кров куће у којој су се утврдили Бугари и убацио бомбу кроз оџак. После ове битке настала је чувена песма „Спремте се спремте четници“ или „Српска ми труба затруби“ (што је исправнији назив), посвећена Јовану Бабунском. Написао је Јован Грковић Гапон, калуђер и четник. Песма је почела да се јавно изводи 1924. године и то од стране српских исељеника у САД. У Ричмонду, Индијана, добила је и своју џез верзију.
После ових српских успеха, Бугари решавају одлучујући напад. Из Бугарске прелази 400 добро наоружаних људи са идејом да се спале сва српска села која су помагала српске чете. За такав поход се брзо сазнало, па су се скупиле и све српске чете (око 120 људи) и распоредиле за одбрану. Јован Стојковић и Глигор су затворили планину Бабуну, а Василије Трбић Азот. Седам дана су трајале тешке борбе у које су се укључили и Турци. Енвер бег је кренуо са две хиљаде војника и отпочеле су борбе „свих против свих“ (како каже Бабунски на једном месту). Бабунски и Глигор су прешли у Пореч како би се заштитили, а бугарске чете су се распале. После тога, Велешким, Прилепским и Кичевским крајем су господариле српске чете. Тако је Бабунски дочекао Младотурску револуцију 1908. године (преврат којим је прокламовано да су у Османском царству, сви без разлике у вери и народности, једнаки пред законом). Турци су убрзо схватили да ни тако неће моћи бити мира, иако су свим четама дозволили да сиђу у градове.
Турци су убрзо почели да гоне српске прваке. Бабунског су ухапсили и осудили на десет година робије, али је на путу побегао, пошто су га обезбеђивала четири неискусна жандара. До рата 1912. године, поново се вратио четовању. Занимљиво је да се јавно изјаснио против Српско-бугарског споразума из 1912. године о подели Македоније (један од споразума по којима је створен Балкански савез под покровитељством Русије (Србија, Бугарска, Грчка и Црна Гора), пошто је одлично познавао Бугаре. На неколико дана пре мобилизације, са Војином Поповићем Вуком, Тренком, Спасом Гардом, Доксимом Михајловићем и Крстом Ковачевићем Прешевским био је на Козјаку, где су се окупиле чете за напад на Турке. Они су први и ударили, као претходница српске војске. Велика битка са Турцима била је у Младом Нагоричану, али су Турци ту били надмоћни у људству, оружју, опремљени артиљеријом. Бабунски је рањен у бутину и опорављао се у Врањској Бањи. Учествовао је у свим борбама током Балканских ратова. После ослобођења Старе Србије и Македоније, у новој српској држави постављен је за секретара Министарства просвете и црквених дела.
Јула 1914. године, Бабунски је формирао Савски четнички одред и са својим људима је примио прве ударе аустроугарске војске. Са четницима је „летео са Торлака на Саву и Дунав“, како се каже у једном запису. Разнео је Железнички мост на Сави због спречавања продора непријатеља. Пред слом српске војске, 1915. године, формиран је Летећи жандармеријски одред под командом Бабунског са циљем да задржи Бугаре. Деловао је од Качаника на Косову, па све до планине Бабуне, његовог завичаја. Ту га је и затекло повлачење српске војске. Свој одред, Стојковић је припојио 57. француској дивизији и тако наставио даљу борбу. Главни командант Источне француске војске пише о Бабунском: „Јован Бабунски, поручник српске војске, мудар шеф пун смелости, ванредне храбрости, на челу српских добровољаца учинио је ванредне услуге француској војсци“.
На Солунском фронту је распоређен према Преспанском језеру, где је својим акцијама пронео храброст српске војске пред свим савезничким јединицама. У једној од борби на језеру, заробио је два немачка ђенералштабна официра, због чега је посебно одликован.
У Солуну је одбио припаднике Црне Руке и није пристао да учествује у њиховим плановима и идејама.
Јован Бабунски је био и остао познат по томе што ниједну војничку битку није изгубио. Савременици га описују као благог и тихог у опхођењу са пријатељима, али неумољивог према непријатељима и страшног према кривцима. До краја живота је са поносом говорио македонским дијалектом, јавно објашњавајући да је то једини прави српскословенски језик.
Одликован је много пута – Карађорђева звезда са мачевима, Француски ратни крст, Златна медаља за храброст, Споменица 1913, Руски крст Светог Ђорђа – само је део колекције јунаштва.
Јован Бабунски је умро од грознице шпанског грипа 17.2.1920. године у Велесу. Сахрањен је уз велике државне почасти како и доликује таквом човеку.
Бугарски окупатори, савезници Хитлера, 1941. године су порушили његов споменик у Велесу, раскопали гроб и разбацали кости свуда около.
Дуго је био заборављен међу својим народом, као уосталом и цела његова Стара Србија.
Владимир Вучковић за Компас инфо
