Токијска православна школа основана је 1879. године на иницијативу архимандрита Николаја, касније светог Николаја Јапанског. Она је настала у оквиру његове мисије ширења православља у Јапану, на имању у кварту Суругадај у Токију, које је Николај купио 1872. године. Управо на том месту данас се налазе Свето-васкрсна саборна црква, познатија као Николај-до, и административни центар Јапанске православне цркве.
Од свог оснивања, школа је била важан образовни центар за јапанске свештенике, непрекидно радећи, осим током Другог светског рата и непосредно после њега. Студенти су пролазили кроз изазован седмогодишњи програм који је спајао религијско образовање са ширим сазнањима о хришћанству и западној култури. Свако је могао да се упише, без обзира на религијску припадност, али се до четврте године од њих захтевало да донесу одлуку да ли ће прихватити хришћанство. Пета година је подразумевала укључивање у мисионарске активности.
Програм студија: спој истока и запада
Наставни програм био је један од најсвеобухватнијих у Јапану током Меиђи ере, пружајући студентима основу за успех у друштву које се убрзано модернизовало. Поред предмета као што су историја Цркве, Свето писмо, догматска теологија и литургика, студенти су учили европску историју, филозофију, логику, психологију, језике као што су класични јапански, руски и грчки, као и црквену музику. Овај интердисциплинарни приступ образовању омогућио је многим алумнима да постану истакнути у разним областима – од религије и књижевности до политике.
По завршетку студија, неки од дипломаца настављали су школовање на руским духовним академијама у Кијеву, Москви и Санкт Петербургу. Иако већина није постала свештеници, многи су наставили да служе мисији као лаици и професори у самој школи.
Изазови и обнова
Историја богословије испуњена је изазовима, али и обновом. Након смрти архиепископа Николаја 1912. године, његов рад наставио је архиепископ Сергије. Међутим, Велики кантонски земљотрес 1923. године уништио је већину зграда у Суругадај комплексу, укључујући библиотеку са преко 30.000 књига. Са скромним средствима, Јапанска православна црква је обновила не само цркве него и школе.
Други светски рат и његове последице поново су нарушили рад школе, која је била затворена до 1954. године, када ју је поново отворио епископ Иринеј. Током процеса обнове, школа је наставила издавање Библија и теолошких књига, а студенти су слани на напредне студије у Сједињене Америчке Државе.
Данас, Токијска православна школа прима само православне вернике старије од 18 година, који пролазе трогодишњи програм теолошког образовања. Кандидати морају имати завршену средњу школу, а пожељно и факултет. Иако мања него у прошлости, образовање наставља традицију изврсности изграђену током 19. и раног 20. века, остајући кључни стуб православног образовања у Јапану.