Време догађаја је борба за ослобођење Старе Србије од Турака и спречавање великобугарских тежњи које су оставиле „крвави траг“ где год су се појавиле у српским срединама. За његово име везује се оснивање прве специјалне војне јединице у Србима, „антитерористичког и потерног одељења” које су назвали „Летећи одред жандармерије”.
Опевана у песми
Херојска борба Јована Стојковића, који стоји иза надимка „Бабунски“, довела је до песме написане 1907. године. Песма је славила значајну победу српских четника у Македонији. Јединице ВМРО су по ко зна који пут извршиле злочине, терале народ да бежи у планине, пљачкале и убијале. Бабунски је са војводом Василијем Трбићем и његовим борцима сачекао чету Стевана Дмитрова, команданта ВМРО, где су Бугари то најмање очекивали, и уништио их, до последњег војника – нико није преживео. Битка се одиграла на Спасовдан 1907. године у селу Дренову код Велеса. Песму је после победе написао Јован Грковић звани Гапон, који је скинуо монашке одежде и раме уз раме са српским комитама ослободио Стару Србију. Гапон је био родом из Ораховца и друг Бабунског. Песма је настала:
Ој иде напред испред чете
Јован Бабунски војвода,
Прати га испред чете
Васил војвода од Велеса.
Јован Грковић Гапон, аутор ових стихова, погинуо је борећи се за слободу српског народа Косова и Метохије и јужне Србије. Уништењем чете ВМРО и њиховог команданта, који су нанели велику штету Србима у Македонији, Бугари су протерани из западног Повардарја. То је само један од мозаичких каменчића који чине живот овог храброг српског борца за слободу.
Како је Јован добио надимак Бабунски?
Јован Стојковић, који, како су га описали другови, „испред чете иде напред“, рођен је 1878. године у селу Мартолци код Велеса. Надимак је добио по планини Бабуни, у Македонији, где је логоровао од 1905. до 1908. године. Планина Бабуна се простире од севера Пелагоније до Велешке клисуре. Основну школу је похађао у селима Оморана, Богомили и Војница у околини Велеса. Отац га уписује у новоосновану гимназију у Велесу, а бугарска учитељица га уписује као Ивана Стојкова.
Његов отац не трпи овакав начин бугаризације и шаље га у Ваљевску гимназију. Јован постаје стипендиста „Друштва Свети Сава” које брине о школовању ученика из Старе Србије и Македоније. Након матуре, ступио је у учитељску школу Београдске богословије. Као учитељ се враћа у Велес и предаје у селу Теову. Одмах, као угледни Србин из велешког краја и учитељ, нашао се на мети бугарске организације ВМРО. Бугари не беже ни од најтежих злочина. У његовом родном селу Мартолцу убијени су му брат и синовац.
Јован се 1905. придружио српским борцима војвода Темељека Барјактаревића и Глигора Соколовића. Борили су се са Бугарима и Турцима од 1904. године. Стојковић успешно ратује на подручју Азота против „Бугара” и њихове организације ВМРО, коју предводи злогласни Стеван Димитров.
Уништењем бугарске чете и елиминацијом вође политичке организације Дмитрова, бугарски комитети су протерани из овог дела Повардара. Бори се против Бугара из ВМРО и са турском војском. Јунаштво и неустрашивост, војна вештина и герилско ратовање донели су му титулу војводе.
Неки нови „ветрови“ али стара зла
Догађаји у Турској, младотурска револуција 1908. донела је значајне промене. Усваја се први устав и проглашава се општа амнестија и помирење. Бабун силази са планине и престаје да ћаска. Али ни младотурци не одустају од прогона, и покушавају да ухапсе Бабунског и виђеније српске четнике. Војвода бежи у Србију. Учествовао је у припремама за Први балкански рат и ослобођење Старе Србије. У Балканском рату 1912. борио се у одреду војводе Вука. Учествује у чувеној Кумановској бици, а рањен је у бици на Стревици. Одмах по оздрављењу вратио се у добровољачки одред војводе Вука.
У Другом балканском рату Бугари су га добро запамтили у бици на Брегалници. По избијању Првог светског рата Бабунски је формирао Савски четнички одред, који је после Церске битке добио назив Руднички четнички одред, под командом мајора Војислава Танкосића. Одупрли су првим жестоким ударима Аустроугарске, а одред Бабунског срушио је железнички мост на Сави у Београду.
Да би што више ослабио српску војску, војни комитет у Софији, на наговор Беча, шаље бугарске комитске чете у Македонију. Српска влада формира специјалне јединице, а командант је прекаљени герилац Јован Стојковић. Недуго затим, јединице војводе Бабунског постале су Летећи одред жандармерије, под директном ингеренцијом Врховне команде. Они добијају задатак да по сваку цену спрече продор треће дивизије бугарске војске у Качаник. Више од месец дана, летећи жандармски одред се лавовски борио и спречавао бугарски продор и тако омогућио повлачење српске војске ка албанским планинама. Затим су самостално кренули у Грчку, где су остали до формирања Солунског фронта.
У борбама са Немцима и Бугарима, одред Војводе Бабунског показује изузетну храброст и војничку вештину. Често су иза непријатељских линија, хватају „живе језике“ и прикупљају потребне информације. Српски специјалци не беже од правих антидиверзитетских акција, па су заробили и два немачка патролна брода. Лично га је одликовао командант Солунског фронта, легендарни француски генерал Франше д’Епер. На кнежевим прсима били су Карађорђева звезда, француски крст са три длана, француски орден Легије части и руски орден Светог Ђорђа.
Приликом пробоја Солунског фронта и прогона непријатеља из Србије, војвода Бабунски и његови летећи жандарми показали су изузетну храброст и вештину.
Метак га није хтео, али га је погодио шпански грип
Четнички војвода Бабунски је живео 42 године. Умро је 1920. од последица епидемије шпанског грипа у родном Велесу. Сахрана је, кажу, била једна од највећих у историји јужне Србије. Људи су долазили са свих страна да одају почаст свом хероју. Четири године касније подигнут је споменик Војводи у Велесу, који су дигли у ваздух бугарски фашисти, окупатори 1941. године.
