Tog 19. jula 1999. godine na praznik Sv. Sisoja velikog, otac Stefan je, videći da hrane u manastiru ima malo da nahrane narod koji se tu sklonio od šiptarske najezde, ne javljajući se nikome uzeo kolica i polako gurajući ih izašao iz manastira. Jedna od monahinja je primetila da ga nema i pitala gde je otac.
Rekli su da je upravo otišao u nabavku sa Vujadinom Vujovićem, nastavnikom koji je sa ostalim Srbima utočište našao u manastiru. Otac Stefan je otišao verujući da se ništa loše ne može desiti, kao Jagnje Božije, mirno, da bi nahranio bližnje svoje.
Znamo na osnovu svetootačkih knjiga da Bog blagodat za mučeništvo ne daje svakome, već samo najdostojnijima.
Tajanstveni nestanak
Otac Stefan i nastavnik Vujadin se nisu vratili, a ne znamo da li su stigli u prodavnicu. Kod prve kuće desno od manastira, pored puta za selo nađena su samo prevrnuta kolica, kao jedini trag da su tuda peške krenuli. Da li je tu u šumi bila šiptarska zaseda ili se nešto drugo desilo, ne znamo.
Otac Stefan je nestao i njegovi posmrtni ostaci kao i ostalih Srba nestalih i ubijenih tada u Klini i Istoku nisu nikada pronađeni.
Sveštenomučeniče oče Stefane moli Boga za nas grešne!